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crRNA陣列介導(dǎo)的CRISPR/Cas12a與雙重 RPA 耦合用于從高血壓中高靈敏檢測(cè)金霉素鏈霉菌 Tü117

   金黃色鏈霉菌 Tü117 的準(zhǔn)確靈敏檢測(cè)對(duì)于高血壓分類和早期預(yù)警至關(guān)重要。為實(shí)現(xiàn)這一目標(biāo),開發(fā)了一種雙重組酶聚合酶擴(kuò)增與 crRNA 陣列介導(dǎo)的 CRISPR/Cas12a 檢測(cè)方法(DR-CAMCas),能夠?qū)崿F(xiàn)多信號(hào)輸出,以精確識(shí)別和檢測(cè)金黃色鏈霉菌 Tü117。通過一步雙重 RPA 同時(shí)擴(kuò)增金黃色鏈霉菌 Tü117 的 16S rDNA 和 LipReg4 基因,激活 crRNA 陣列介導(dǎo)的 CRISPR/Cas12a 系統(tǒng)切割外源 FQ 報(bào)告分子,釋放熒光信號(hào)。DR-CAMCas 具有高擴(kuò)增效率、通過 crRNA 陣列信號(hào)疊加實(shí)現(xiàn)多位點(diǎn)識(shí)別以及 CRISPR/Cas12a 的可編程性,實(shí)現(xiàn)了超靈敏檢測(cè),線性范圍為 10 至 108 cfu/mL,檢測(cè)限約為 3 cfu/mL。DR-CAMCas 成功地在高鹽飲食誘導(dǎo)的高血壓小鼠和高血壓患者的糞便樣本中檢測(cè)到金黃色鏈霉菌 Tü117,與 qPCR 結(jié)果相符,顯示出高可靠性和實(shí)用性。此外,DR-CAMCas 中的目標(biāo)誘導(dǎo)切割 DNA 連接子使 AuNPs-DNA 探針分散,實(shí)現(xiàn)比色檢測(cè)。整合到側(cè)流傳感器上,DR-CAMCas 可通過簡(jiǎn)單的可視條帶分析進(jìn)行即時(shí)檢測(cè)。其三重信號(hào)輸出滿足不同的檢測(cè)需求,為診斷鹽敏感性高血壓提供了一種有前途的工具。

(A)crRNA 陣列的結(jié)構(gòu)、自由能和瓊脂糖凝膠。(B)crRNA 陣列的識(shí)別位點(diǎn)、雙重 RPA 過程以及 crRNA 陣列介導(dǎo)的 CRISPR/Cas12a 檢測(cè)信號(hào)的疊加效應(yīng)。(C)crRNA 陣列的瓊脂糖凝膠。(D)雙重 RPA 和單獨(dú) RPA 產(chǎn)物的瓊脂糖凝膠。(E、F)使用不同 crRNA 檢測(cè) 16S rDNA 和 LipReg4 基因的熒光光譜(金色鏈霉菌 Tü117:107 cfu/mL)。

單鏈向?qū)?RNA(single crRNA)介導(dǎo)的 CRISPR/Cas12a 與雙重重組酶聚合酶擴(kuò)增(dual RPA)耦合對(duì) 16S rDNA 和 LipReg4 基因的熒光響應(yīng)(A、B)以及隨時(shí)間變化在不同單鏈向?qū)?RNA 存在下的熱圖。(E、F)使用單鏈向?qū)?RNA 介導(dǎo)的 CRISPR/Cas12a 與雙重 RPA 耦合檢測(cè) 16S rDNA 和 LipReg4 基因的檢測(cè)性能。

DR-CAMCas 方法對(duì)金色鏈霉菌 Tü117 檢測(cè)的檢測(cè)性能。(A、B)DR-CAMCas 檢測(cè)對(duì) 16S rDNA 和 LipReg4 基因的熒光響應(yīng)隨時(shí)間變化。(C、D)在不同 crRNA 存在下,由 16S rDNA 和 LipReg4 基因誘導(dǎo)的 DR-CAMCas 終點(diǎn)熒光熱圖。(E)使用 DR-CAMCas 對(duì)金色鏈霉菌 Tü117 的識(shí)別過程。DR-CAMCas(crRNA1 + 2 + 3)對(duì)金色鏈霉菌 Tü117 的 16S rDNA 和 LipReg4 基因的熒光響應(yīng)(H、K)和選擇性(H、K)。(G、J)使用不同 crRNA 組合的 DR-CAMCas 對(duì) 16S rDNA 和 LipReg4 基因的檢測(cè)性能。

(A)高血壓患者和高鹽飲食誘導(dǎo)的高血壓模型小鼠的糞便樣本。(B)金色鏈霉菌 Tü117 的革蘭氏染色。比例尺:20μm。高鹽飲食小鼠對(duì)體重(C)、收縮壓(D)、舒張壓(E)和平均動(dòng)脈壓(F)的影響(n = 12)。(G - J)使用 DR-CAMCas 和 qPCR 檢測(cè)高血壓小鼠糞便樣本中的 16S rDNA 和 LipReg4 基因(對(duì)照組:6 只;血管緊張素 II 組:6 只;高脂飲食組:6 只;高鹽組:24 只)。(L - O)使用 DR-CAMCas 和 qPCR 檢測(cè)臨床樣本(正常人:30 人;高血壓患者:30 人)糞便樣本中的 16S rDNA 和 LipReg4 基因。(K,P)評(píng)估 DR-CAMCas 和 qPCR 在臨床樣本檢測(cè)中的一致性。*p < 0.05 與對(duì)照組相比,**p < 0.01 與對(duì)照組相比,****p < 0.0001 與對(duì)照組相比。

比色探針的表征。金納米粒子的 TEM 圖像(A、B)、映射圖像(C)和 EDS 分析(D)。(B)系列金納米粒子稀釋液的紫外-可見吸收光譜。(F)金納米粒子、金納米粒子-DNA 以及與 DNA 連接子交聯(lián)的金納米粒子-DNA 對(duì)的紫外-可見吸收光譜。(G)用 Arm-DNA 修飾前后的金納米粒子的 Zeta 電位。(H)比色檢測(cè)可行性評(píng)估。使用 DR-CAMCas 測(cè)定法與目標(biāo) DNA 反應(yīng)后比色探針的 TEM 圖像(I)和元素分析(J-M)。使用 DR-CAMCas 測(cè)定法在沒有目標(biāo) DNA 的情況下比色探針的 TEM 圖像(N)和元素分析(O-R)。

金黃色鏈霉菌 Tü117 的比色法和即時(shí)檢測(cè)。(A)金黃色鏈霉菌 Tü117 的肉眼檢測(cè)過程。照片(B、C)金黃色鏈霉菌 Tü117 濃度增加時(shí) 16S rDNA 和 LipReg4 基因肉眼檢測(cè)的紫外-可見吸收光譜(D、H)及相應(yīng)的線性擬合曲線(E、I)。(F、J)比色 DR-CAMCas 方法對(duì)金黃色鏈霉菌 Tü117 檢測(cè)的選擇性。(G、K)比色 DR-CAMCas 檢測(cè)法在高血壓小鼠糞便樣本檢測(cè)中的實(shí)際應(yīng)用。(L)DR-CAMCas 在側(cè)流生物傳感器(LFB)中的整合?;?DR-CAMCas 的 LFB 檢測(cè)法對(duì)金黃色鏈霉菌 Tü117 的 16S rDNA 和 LipReg4 基因檢測(cè)的可行性(M)、檢測(cè)性能(N、P)和選擇性分析(O、Q)

相關(guān)產(chǎn)品:RPA試劑盒及試紙條系列:

貨號(hào)

產(chǎn)品

規(guī)格

B8201C1

DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(DNA基礎(chǔ)型)

48T

B8202C3

DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(DNA熒光型)

48T

B8203C5

DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(DNA試紙條型)

48T

B8204C7

RNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(RNA基礎(chǔ)型)

48T

B8205C9

RNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(RNA熒光型)

48T

B8206C0

RNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(RNA試紙條型)

48T

JY0209

雙靶標(biāo)HybriDetect側(cè)向?qū)游鲈嚰垪l(彩虹型)

50T

JY0201

單靶標(biāo)HybriDetect側(cè)向?qū)游鲈嚰垪l(彩虹型)

50T

JY0307

CRISPR單酶切及擴(kuò)增產(chǎn)物檢測(cè)試紙條

50T

JY0301

CRISPR Cas12/13 HybriDetect試紙條

50T

JY0308

CRISPR雙酶切檢測(cè)試紙條(變色龍)

50T

 

Cas酶系列

貨號(hào)

包裝規(guī)格

中文名稱

32108-01

100 pmoL

LbCas12a (Cpf1)

32108-03

1,000 pmoL

LbCas12a (Cpf1)

32117-01

100 pmoL

LwaCas13a (C2c2)

32117-03

1,000 pmoL

LwaCas13a (C2c2)

32118-01

100 pmoL

AapCas12b (C2c1)

32118-03

1,000 pmoL

AapCas12b (C2c1)

32119-01

100 pmoL

Un1Cas12f1 (Cas14a1)

32119-03

1,000 pmoL

Un1Cas12f1 (Cas14a1)

32104-01

100 pmoL

AsCas12a (Cpf1)

32104-03

1,000 pmoL

AsCas12a (Cpf1)

32116-01

100 pmoL

AacCas12b (C2c1)

32116-03

1,000 pmoL

AacCas12b (C2c1)

32106-01

100 pmoL

FnCas12a (Cpf1)

32106-03

1,000 pmoL

FnCas12a (Cpf1)

32110-01

100 pmoL

Lb5Cas12a (Cpf1)

32110-03

1,000 pmoL

Lb5Cas12a (Cpf1)

32101-01

100 pmoL

SpCas9

32101-03

1,000 pmoL

SpCas9

32102-01

100 pmoL

Sp-dCas9

32102-03

1,000 pmoL

Sp-dCas9

32120-01

100 pmoL

Sp-nCas9(H840A)

32120-03

1,000 pmoL

Sp-nCas9(H840A)

 

 

 

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